У меня везде (и в KDE, и в GNOME) десктоп настроен сообразно этой идее. Эксперимент удался: в домашнем каталоге стало намного «чище». Я легче вспоминаю, где что находится. Я стал более строго следить за порядком: просто положить какой-то файл «куда попало» — всё равно, что поставить ботинки посреди комнаты. В общем, рекомендую.
Идея получила неожиданное продолжение — закладки в броузере. Начну издалека. В Firefox'е и в Konqueror'е есть такое понятие — «bookmark toolbar folder». Это значит, что вот эту ветку дерева закладок следует показывать на панели закладок; до всего остального можно добраться через пункт меню «Bookmarks». Эту самую точку, из которой «растёт» панель закладок, можно выбрать произвольно (любой каталог закладок). Ну, вы уже поняли, да?

У меня много закладок. Всё более-менее интересное я заношу в закладки. В сотнях закладок развести бардак — раз плюнуть. Теперь я решил попробовать навести в закладках порядок тем же образом, а именно — сделать все закладки броузера доступными через панель закладок. О результатах эксперимента напишу через несколько месяцев. Пока что можно отметить только один побочный эффект: я стал более активно использовать RSS (и не добавлять в закладки то, что доступно через RSS).